Когда завис апатч — все понятно, рестартуем его — и делов то.
А вот когда завис процесс в мускуле, действовать нужно так:
вот так убить процесс по id-процесса
KILL [id-процесса];
справка:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/kill.html
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/show-processlist.html
либо на крайний случай перезапуск базы
win
linux
service mysqld restart