Нашел интересный класс в bitrix «CHTTP» и в нем функцию urlDeleteParams($sUrl,$arRemove) удаляющую get параметры из строки.
Использование:
$arResult["FORM_ACTION"] = '/catalog/almaznye-krugi/kern/?SECTION_CODE=almaznye-krugi&BRAND_CODE=kern&%3FSECTION_CODE=almaznye-krugi'; $arResult["FORM_ACTION"] = CHTTP::urlDeleteParams($arResult["FORM_ACTION"], array('%3FSECTION_CODE', 'SECTION_CODE', 'BRAND_CODE'), array("delete_system_params" => true) ); // получим /catalog/almaznye-krugi/kern/